全媒体运营师证书的发证机构主要有以下几个：

1.中国国家人力资源和社会保障部、国家职业技能鉴定指导中心、中国传媒大学：这些机构联合颁布了全媒体运营师证书，旨在提高全媒体运营人员的综合素质和专业水平，推动全媒体产业的发展。其中，国家人力资源和社会保障部负责全国范围内的职业资格证书的管理和监督工作；国家职业技能鉴定指导中心负责全国范围内职业技能鉴定工作的组织和管理；中国传媒大学则在全媒体人才培养方面具有丰富的经验和优势，为证书的顺利实施提供了有力保障。

2.国家广播电视总局广播影视人才交流中心：这是广电总局直属的正局级事业单位，也是行业内唯一的国家级行业性人才开发服务中介机构。该中心负责全媒体运营师证书的培训和考核工作，其颁发的证书在行业内具有较高的权威性和认可度。

此外，过去还有一些机构如中国国家人事人才培训网和广播电视和网络视听播音主持教育培训基地也曾经颁发过全媒体运营师证书，但根据最新信息，这些机构已经停止或暂停了证书的颁发工作。

需要注意的是，全媒体运营师证书的颁发机构可能因时间和政策变化而有所不同。因此，在报考全媒体运营师证书时，建议考生仔细了解相关机构的信息和资质，选择官方认可的正规机构进行报名。同时，考生也可以通过国家广播电视总局或相关行业协会的官方网站等权威渠道查询最新的证书颁发机构信息。